Hiệp định Linggadjati do người Anh làm trung gian và được ký kết vào tháng 11 năm 1946, theo đó Hà Lan công nhận nước Cộng hòa là thế lực nắm quyền trên thực tế tại Java, Madura, và Sumatra. Hai bên chấp thuận thành lập Hợp chúng quốc Indonesia vào ngày 1 tháng 1 năm 1949, một nhà nước liên bang bán tự trị với quân chủ Hà Lan là nguyên thủ quốc gia. Java và Sumatra do lực lượng Cộng hòa kiểm soát là một trong các bang, cùng với các khu vực khác đại thể nằm dưới ảnh hưởng mạnh hơn của Hà Lan, bao gồm Nam Borneo, Sulawesi, Maluku, quần đảo Sunda Nhỏ, và Tây New Guinea. Ủy ban Quốc gia Trung ương Indonesia (KNIP) không phê chuẩn thỏa thuận cho đến tháng 2 năm 1947, cả Cộng hòa và Hà Lan đều không thỏa mãn với thỏa thuận.[27] Ngày 25 tháng 3 năm 1947, Hạ nghị viện Hà Lan phê chuẩn một phiên bản rút gọn của hiệp định, điều này không được Cộng hòa Indonesia chấp thuận.[28] Hai bên nhanh chóng cáo buộc nhau vi phạm thỏa thuận.

Vào nửa đêm ngày 20 tháng 7 năm 1947, người Hà Lan phát động một cuộc tấn công quân sự lớn mang tên Chiến dịch sản phẩm, với mục đích là chinh phục nước Cộng hòa. Người Hà Lan mô tả chiến dịch là politionele acties ("hành động cảnh sát") nhằm khôi phục pháp luật và trật tự. Điều này là nhiệm vụ của Quân đội Hoàng gia Đông Ấn Hà Lan, tuy nhiên, đương thời đa số binh sĩ Hà Lan tại Indonesia thuộc Quân đội Hoàng gia Hà Lan. Trong cuộc tấn công, lực lượng Hà Lan đẩy binh sĩ Cộng hòa ra khỏi nhiều nơi tại Sumatra, Đông và Tây Java. Lực lượng Cộng hòa bị hạn chế trong khu vực Yogyakarta tại Java. Để duy trì lực lượng tại Java, nay lên đến 100.000 binh sĩ, người Hà Lan giành quyền kiểm soát các đồn điền sinh lợi tại Sumatra, các cơ sở dầu và than, và kiểm soát toàn bộ các cảng nước sâu tại Java.

Phản ứng quốc tế đối với các hành động của Hà Lan là tiêu cực. Úc và Ấn Độ đặc biệt tích cực trong việc ủng hộ sự nghiệp của Cộng hòa Indonesia tại Liên Hiệp Quốc, cũng như Liên Xô, và quan trọng nhất là Hoa Kỳ. Các tàu của Hà Lan tiếp tục bị công nhân Úc tẩy chay bốc xếp từ tháng 9 năm 1945. Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc trực tiếp tham dự vào xung đột, thiết lập một ủy ban nhằm đảm bảo tiếp tục đàm phán, khiến vị thế ngoại giao của Hà Lan đặc biệt khó khăn. Một lệnh ngừng bắn theo kêu gọi của Liên Hiệp Quốc được Hà Lan và Sukarno thu xếp vào ngày 4 tháng 8 năm 1947.[29]

Hội đồng Bảo An Liên Hiệp Quốc môi giới Hiệp định Renville nhằm khắc phục Hiệp định Linggarjati đã sụp đổ. Hiệp định được phê chuẩn vào tháng 1 năm 1948 và công nhận một lệnh ngừng bắn theo "đường Van Mook "- kết nối các điểm người Hà Lan tiến xa nhất.[31] Tuy nhiên, nhiều vị trí của lực lượng Cộng hòa vẫn được giữ sau đường ranh giới. Hiệp định cũng yêu cầu tổ chức trưng cầu dân ý về tương lai chính trị tại các khu vực do Hà Lan nắm giữ. Lực lượng Cộng hòa giành được nhiều thiện ý của người Mỹ.[29]

Nỗ lực ngoại giao giữa Hà Lan và Cộng hòa Indonesia tiếp tục trong suốt năm 1948 và 1949. Áp lực chính trị cả ở quốc nội và quốc tế đã cản trở nỗ lực của Hà Lan. Tương tự, các lãnh đạo Cộng hòa phải đối diện với khó khăn lớn trong việc thuyết phục nhân dân chấp thuận nhượng bộ về ngoại giao. Đến tháng 7 năm 1948, các cuộc đàm phán bị bế tắc và người Hà Lan đơn phương thúc đẩy khái niệm Indonesia liên bang của Van Mook. Liên bang Nam Sumatra và Đông Java mới được thiết lập, mặc dù không có cơ sở ủng hộ khả thi.[32] Hà Lan thiết lập Hội đồng tư vấn liên bang, một cơ cấu gồm các lãnh đạo của liên bang, và được giao nhiệm vụ hình thành một Hợp chúng quốc Indonesia và một chính phủ lâm thời vào cuối năm 1948. Tuy nhiên, các kế hoạch của Hà Lan không có chỗ cho nước Cộng hòa trừ khi lực lượng này chấp thuận một vai trò nhỏ đã được xác định cho nó. Các kế hoạch sau bao gồm Java và Sumatra song loại bỏ mọi đề cập đến nước Cộng hòa.. Điểm vướng mắc chính trong đàm phán là cân bằng quyền lực giữa Cao ủy Hà Lan và lực lượng Cộng hòa.[33]

Thiếu tin tưởng lẫn nhau giữa Hà Lan và Cộng hòa Indonesia cản trở các cuộc đàm phán. Lực lượng cộng hòa lo sợ một chiến dịch lớn thứ nhì của Hà Lan, trong khi Hà Lan phản đối hoạt động tiếp diễn của lực lượng Cộng hòa tại phần phía Hà Lan của đường Renville. Trong tháng 2 năm 1948, sư đoàn Siliwangi của Quân đội Cộng hòa do Nasution chỉ huy đã hành quân từ Tây Java đến Trung Java; hành động này nhằm mục đích giảm bớt căng thẳng nội bộ của lực lượng cộng hòa liên quan đến Sư đoàn tại khu vực Surakarta. Tuy nhiên họ xung đột với binh sĩ Hà Lan khi vượt qua núi Slamet, và người Hà Lan cho rằng hành động này nhằm trong một cuộc chuyển quân có hệ thống qua đường Renville. Lo sợ những cuộc xâm nhập như vậy thực sự thành công, cùng với sự phá hoại rõ ràng của lực lượng cộng hòa với nhà nước Pasundan do Hà Lan thành lập và các báo cáo tiêu cực, lãnh đạo Hà Lan ngày càng thấy mình để mất kiểm soát.[34]

Nản chí đàm phán với lực lượng Cộng hòa và tin rằng thế lực này bị suy yếu do các cuộc nổi loạn của Darul Islam và Madiun, Hà Lan phát động một cuộc tấn công quân sự vào ngày 19 tháng 12 năm 1948 mang tên 'Chiến dịch Gà gáy'. Đến ngày hôm sau, quân Hà Lan chiếm được thành phố Yogyakarta, nơi giữ vai trò là thủ đô lâm thời của Cộng hòa Indonesia. Đến cuối tháng 12, toàn bộ các thành phố chính của lực lượng Cộng hòa trên đảo Java và Sumatra đều rơi vào tay người Hà Lan.[35] Tổng thống, phó tổng thống và nhiều bộ trưởng của Cộng hòa Indonesia bị quân Hà Lan bắt giữ và lưu đày đến đảo Bangka ở ngoài khơi Sumatra. Trong các khu vực quanh Yogyakarta và Surakarta, quân Cộng hòa từ chối đầu hàng và tiếp tục một cuộc chiến du kích dưới sự lãnh đạo của Tham mưu trưởng Sudirman. Chính phủ khẩn cấp nước Cộng hòa Indonesia được thành lập tại Tây Sumatra.

Mặc dù quân Hà Lan chiếm được các thành thị tại khu vực trung tâm của Cộng hòa trên đảo Java và Sumatra, song họ không thể kiểm soát vùng thôn quê.[35] Quân Cộng hòa và lực lượng du kích dưới sự lãnh đạo của Trung tá Suharto tiến công các vị trí của người Hà Lan tại Yogyakarta vào rạng sáng ngày 1 tháng 3 năm 1949. Người Hà Lan bị trục xuất khỏi thành phố trong sáu giờ song quân tiếp viện được đưa đến từ các thành phố Ambarawa và Semarang nằm gần đó vào buổi chiều.[36] Những chiến sĩ Indonesia rút lui vào 12 giờ trưa và người Hà Lan lại tiến vào thành phố. Một cuộc tấn công tương tự chống quân Hà Lan tại Surakarta dưới quyền chỉ huy của Trung tá Slamet Riyadi diễn ra vào ngày 7 tháng 8 cùng năm.[36]

Một lần nữa, dư luận quốc tế lại có phản ứng tiêu cực với các chiến dịch quân sự của Hà Lan, trong đó có Liên Hiệp Quốc và Hoa Kỳ. Trong tháng 1 năm 1949, Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc thông qua một nghị quyết yêu cầu phục hồi chính phủ nước Cộng hòa.[9] Viện trợ riêng của Hoa Kỳ cho các nỗ lực của Indonesia thuộc Hà Lan lập tức bị hủy bỏ và có áp lực ngày càng lớn trong Quốc hội Hoa Kỳ về việc cắt hết mọi viện trợ. Chúng gồm có kinh phí từ kế hoạch Marshall có ý nghĩa quan trọng với việc tái thiết Hà Lan hậu thế chiến với tổng cộng 1 tỷ USD.[37] Chính phủ Hà Lan cũng dành một khoản tương đương một nửa kinh phí này cho các chiến dịch của họ tại Indonesia. Tình hình viện trợ của Hoa Kỳ có thể được sử dụng để tài trợ cho "một đế quốc lão hóa và bất lực" thúc đẩy nhiều tiếng nói quan trọng tại Mỹ – bao gồm trong Đảng Cộng hòa – và từ trong các giáo hội và tổ chức phi chính phủ Hoa Kỳ lên tiếng ủng hộ độc lập của Indonesia.[38]